氣相色譜儀長期使用后，進樣襯管內會有焦油狀物質，這是樣品中的不揮發成分造成的。此外還會有顆粒狀物質積存(隔墊碎屑，樣品中的固體物質)這些都會干擾分析的正常進行。因此要定期檢查，及時清洗。注意，氣相色譜儀在襯管中填充一些經硅烷化處理的石英玻璃毛，既可提高樣品的汽化效率，又能防止隔墊碎屑進入氣相色譜儀色譜柱造成堵塞。